中国医学科学院阜外医院始建于1956年，是一所集医疗、科研、预防和人才培养于一体的三级甲等专科医院，是北京市医保定点单位。
2021年8月，中国医学科学院阜外医院实验诊断中心被评选为第20届全国青年文明号。
2021年11月20日，入选2020年度中国医院综合排行榜。2021年12月3日，门头沟区政府与中国医学科学院阜外医院签署战略合作框架协议，共同推动首批国家医学中心阜外西山院区落地门头沟。
阜外医院始建于1956年，2009年中央编办批复成立国家心血管病中心，正式形成“中心—医院”一体化格局。本部阜成门院区总用地规模5.53万平方米，总建筑面积15.7万平方米；门头沟西山院区总用地规模7.33万平方米，其中西山一期建筑面积3.7万平方米；西山二期项目建设正在加速推进，建筑面积5.62万平方米。
阜外医院现有在职员工3833人，截至目前累计培养了院士6人，、省部级有突出贡献专家28人，享受政府津贴83人，中高级职称专业技术人员1709人。同时，阜外医院配备有血管造影机、双源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模态数字化手术室等与世界接轨的医疗科研设备。
开创中国心血管病防治事业
阜外医院心血管病流行病学防治研究工作始于1959年。1978年建立了中国个心血管病流行病学研究室，是我国个从事心血管病流行病学和人群防治研究的专业研究室。2000年成立群体遗传学及防治研究室，在我国心血管人群防治基础上开拓了新的遗传流行病学的发展领域。2004年9月卫生部心血管病防治研究中心落户阜外，具体负责推动全国的心血管病防治和研究工作。2013年国家心血管病中心投入实质运营，软硬件设施得到极大改善，心血管疾病防治工作站上了更高平台。